Bethesda游戏总监Todd Howard在2016年度DICE大奖上接受了媒体采访，暗示玩家依然可以在《辐射4》中找到许多隐藏的小秘密。这款游戏已经发售数月，PC版也支持控制台指令，看来这些小秘密隐藏的都很好。
Howard并没有具体透露究竟是哪些秘密，但留下了暗示称其中一个秘密与游戏中的终端（Terminal）有关，本身这些终端机中就包含了大量背景设定故事等信息。
避难所的那些事
表面上，辐射故事中的避难所是用来保护美国人民免受核爆吞噬的避风港，但在2077年 人口（美国）达到近4亿，避难所科技公司发现要建造40万个避难所，每一个容纳1000人，但这根本难以实现，最终只建造了122个避难所，非但没有拯救人类，反而变成了优胜劣汰社会的实验：观察人们如何在与世隔绝的极端环境下生存。
部分避难所发生的事：
-6&12号避难所：少量辐射一直源源不断泄入，直到这里的人都变成食尸鬼。最终变成《辐射1》中特写的“食尸鬼盘踞的大墓地”。
-68号避难所：收容了999个男人却只有1个女人。
-69号避难所：与前一个相反，收容了999个女人却只有一个男人。
因为男女比例失衡，无法繁育下一代，这个避难所很快灭亡。
毫无道理的实验
-77号(微博)避难所：只有一个男人和一大群木偶，用来观察与世隔绝时，个人的生存情况，但一个小时之后这个“伴偶男”就开始咚墙，几个月后便开始和木偶聊天，并且一如既往的歇斯底里。
-106号避难所：测试封闭区间内释放神经毒气影响人类心智，人们很快就堕入癫狂，以至于最后玩家进入这里时，毒气还源源不断的往避难所里面灌，所有人完全丧失心智，见人杀人，见鬼杀鬼。
-108号避难所：设立了克隆机，但随着克隆人剧增，情况开始失控，他们杀光了所有非克隆人，最后玩家只见到了一名叫做盖瑞的克隆人。
-11号避难所：终端电脑要求每年通过民主选举制杀死一个人，否则其他人全部都要死。后来这里的人们反对公投制转而变成电脑随机抽取，可发生了暴动，人们开始相互残杀，最后只有五个人幸存，这五人约定集体自杀，直到这时才发现一切都是骗局：一年过去了没人死去，其实这正是电脑所一直期待的， 它就是想要人们拒绝杀人！知晓最终结果的五人中有四人感觉已毫无意义便以死谢罪，最后剩下那一个人离开了11号避难所，他的身份也一直是个谜。
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